Пётр Великий... -
один есть целая всемирная история
Александр Сергеевич Пушкин
Строительство храма началось на территории только что заложенной Петропавловской крепости. Освящение первой деревянной Петропавловской церкви состоялось 1 апреля 1704.
Каменный Петропавловский собор строился таким образом, что деревянный храм оставался внутри новой постройки. Работой руководил итальянский архитектор Доменико Трезини. В установке шпиля участвовал голландский мастер Харман ван Болос. По приказу Петра I строительство началось с колокольни. Высота сооружения составляла 112 метров, что на 32 метра выше колокольни Ивана Великого в московском Кремле. Внутреннее убранство собора имеет светский характер и необычно для православной церкви.
С 1742 года до освящения в 1858 году Исаакиевского собора Петропавловский собор являлся кафедральным, затем был передан в придворное ведомство.
В 1756—1757 годах Петропавловский собор был восстановлен после пожара. В 1773 году освящён придел святой Екатерины.
В 1776 году на колокольне были смонтированы куранты мастера Баренда Оорта Красса из Голландии.
В 1777 году шпиль и ангел на шпиле собора были повреждён бурей. Во время восстановительных работ новую фигуру ангела с крестом выполнил Антонио Ринальди. В 1830 году повреждённую фигуру ангела ремонтировал Пётр Телушкин , поднявшийся наверх без возведения строительных лесов.
В 1857—1858 годах деревянные конструкции шпиля были заменены металлическими архитектором Константином Андреевичем Тоном и инженером Дмитрием Ивановичем Журавским, разработавшим метод расчёта конструкции. После этого высота постройки увеличилась на 10,5 метров и стала равняться 122,5 метрам.
В 1919 году Петропавловский собор был закрыт, а в 1924 году превращён в музей, большинство ценных предметов конца XVII — начала XVIII веков (серебряная утварь, книги, облачения, иконы) было отдано в другие музеи.
В Великую Отечественную войну собор сильно пострадал. В 1952 году были отреставрированы фасады, в 1956—1957 годах — интерьеры. В 1954 году здание было передано Музею истории города.