Красуйся, град Петров,
И стой неколебимо, как Россия!
Александр Сергеевич Пушкин
Первый деревянный дом для коменданта Петропавловской крепости был построен в 1704 году, затем он был перестроен в 1718-м. Главный корпус каменного обер-комендантского дома был построен в 1743—1746 годах. В 1747—1748 годах с западной стороны дома был построен отдельно стоящий каменный одноэтажный служебный флигель с воротами на западном фасаде.
Главный фасад дома ориентирован на восток; нижний этаж выполнен как цокольный. Белые наличники окон здания и рельефные полосы рустовки по цокольному этажу служат эффектной отделкой на фоне розовых стен. Центральная часть комендантского дома увенчана треугольным фронтоном. Крыша высокая, но без характерного для петровского времени перелома.
В 1750 году главный корпус и служебный флигель были соединены в связи с устройством на северном фасаде ворот для въезда во двор дома, в результате чего окончательно сформировался комплекс здания. Свой современный вид Комендантский дом приобрел в 1893 году, когда его служебный флигель был надстроен вторым этажом. Квартира коменданта Петербургской (Петропавловской) крепости, должность которого являлась ответственной и считалась почётной, занимала оба этажа Главного корпуса.
Помимо покоев коменданта, в здании располагались также домовая церковь, комнаты прислуги и служебные помещения. Здесь же находилась канцелярия Комендантского управления. В Парадном зале 12 июля 1826 года декабристы выслушали свой приговор.
У восточной стены Петропавловского собора находится Комендантское кладбище. С 1720 по 1914 год здесь похоронили девятнадцать комендантов Петропавловской крепости.
Рядом с Комендантским домом расположено здание гауптвахты.
В дни Октябрьской революции 1917 года в Комендантском доме находился штаб петроградского Военно-революционного комитета. В 1975 году здесь открылась экспозиция «История Петербурга-Петрограда. 1703—1917 гг.»