Пётр Великий... -
один есть целая всемирная история
Александр Сергеевич Пушкин
Первоначально деревянное здание церкви, построенное по проекту Доменико Трезини, было освящено в 1737 году. По велению императрицы Анны Иоанновны из Византии перевезли Образ Спаса Нерукотворного, Плащаницу и икону Знамение. Уже в 1746 году храм по указанию императрицы Елизаветы Петровны был перестроен в камне, а в 1747 году заново освящён.
К началу XIX века старый храм уже не соответствовал новым требованиям облика города. Поэтому в 1816-1817 гг началась реконструкция церкви за казённый счёт по проекту архитектора Василия Петровича Стасова, продолжавшаяся до 1823 года. Фасад здания украсили барельефами Василия Ивановича Демута-Малиновского «Вход Господень в Иерусалим» и «Несение Креста». ]
В 1826 году на первом этаже была установлена «печальная колесница», на которой было доставлено тело Александра I. Также церковь известна тем, что 1 февраля 1837 года в ней состоялось отпевание Александра Сергеевича Пушкина. 2 марта 1857 года здесь была отслужена первая в России панихида по скончавшемуся в Берлине Михаиле Ивановиче Глинке.
В 1849 года церковь на Конюшенной площади стала приходской.
После Октябрьской революции церковь была закрыта. В 1923 году в ней был размещён клуб конной милиции. В алтаре был устроен туалет.
В 1990 году церковь была возвращена РПЦ. В 1990-е храм был отремонтирован, при нём были созданы воскресная школа и церковная библиотека.